Główną częścią Parku jest jezioro Wigry, wraz z całym zbiorem jezior otaczających i pozostających z nim w ścisłym związku hydrologicznym. Wszystkie jeziora Parku na Warmi i Mazurach różnią się między sobą pod względem troficzności wód. Specjalną grupę stanowią jeziorka – suchary. Te śródleśne zbiorniki o brązowej, mało przeźroczystej wodzie i dużą ilością substancji organicznych są bardzo pięknymi tworami natury.
Niektóre z obecnych jezior kompleksu Wigierskiego były zatokami Wigier, które w wyniku zapełnienia roślinnością wodną i wypełnienie szczątkami roślin i zwierząt uległy oddzieleniu od głównego jeziora. Tak m.in. powstały: Muliczne, Okragłe, Długie, Białe Wigierskie, Kriszyn, Zakąty (Klonek), Leszczewek i inne.
Główną rzeką WPN jest Czarna Hańcza. Kolejną co do wielkości rzeczka Kamionka, a następnie Wiatrołuża i Maniówka.
Mazury domki, pensjonaty czy agroturystyka oferuje bogatą bazę noclegową w piękne zakątki Mazur czy Warmi
Flora Parku jest niezwykle bogata. Liczy ponad 800 gatunków roślin naczyniowych, około 170 gatunków maszaków i 300 porostów oraz wiele gatunków grzybów, śluzowców i glonów. Spośród drzew najliczniej występuje sosna i świerk. Ponadto także brzoza brodawkowata i omszona, olsza czarna, dąb szypułkowaty, lipa drobnolistna i inne.
Fauna Parku jest charakterystyczna dla obszaru Puszczy Augustowskiej. Występują tu wilki, rysie, łosie, jelenie, sarny, dziki, borsuki, lisy, jenoty, kuny i wiewiórki. Najbardziej typowym gatunkiem, będącym symbolem WPN jest bóbr. Zaobserwowano także tutaj 195 gatunków ptaków, głównie wodno-błotnych. Najliczniejszymi są: kaczka krzyżówka, łyska, perkoz, mewa, rybitwa, gągoł, łabędż.
Na terenie WPN znajdują się ciekawe zabytki archeologiczne. Najstarsze z paleolitu – kamienne narzędzia – świadczą o momencie przybycia, po ustąpieniu lądolodu, pierwszych ludzi.
Wartościowym obiektem zabytkowym jest zespół poklasztorny Kamedułów, który powstał w siedmnastym wieku w miejscu królewskiego, myśliwskiego dworku. Wcześniej leżała tu osada Wigran.
Teraz w odbudowanych i odnowionych po zniszczeniach wojennych obiektach poklasztornych ma siedzię Dom Pracy Twórczej Ministerstwa Kultury i Sztuki, a także muzeum pobytu Papieża Jana Pawła II na Wigrach.