Miasto położone jest na przesmyku między jeziorami Tałty i Mikołajskim, na trasie wodnego szlaku łączącego północne i południowe Mazury. O popularności Mikołajek zdecydowało między innymi sąsiedztwo największego w Polsce jeziora Śniardwy. Znajdująca się w mieście przystań jachtowa jest jednym z najczęściej odwiedzanych przez żeglarzy miejsc na Mazurach.
Początkowo była to osada zaopatrująca zamek krzyżacki w sąsiednim Rynie. Pierwszy most nad przesmykiem między jeziorami wybudowano na początku XVI wieku. W I połowie XVIII wieku Mikołajki otrzymały prawa miejskie. W połowie XIX wieku uruchomiono stałą żeglugę po jeziorach, co wpłynęło na rozwój miasta. Już przed II wojną światową Mikołajki były popularną miejscowością wczasową. Do dziś Mikołajki noclegi cieszą się dużą popularnością.