Miasteczko powstało na przełomie szesnastego i siedemnastego wieku. Założył je Jerzy Grodziński, starosta przełomski i płotelski. Z założenia miało nosić nazwę Juriewo, jednak nazwa nie przyjęła się i znajdujące się nad rzeką Sejną (dziś Marycha) miasteczko nazwano Sejnami. W 1602 r. Grodziński przekazał je zakonowi dominikanów. Noclegi Sejny to teraz turystyczna miejscowość odwiedzana przez setki turystów. Noclegi na Podlasiu cieszą się powodzeniem turystów zwłaszcza mieszkających w mieście, którzy chą odpocząć od zgiełku i hałasu miejskiego.
1915 rok to okres kiedy w wyniku zdecydowanej ofensywy armia niemiecka zajmuje całą gubernię suwalską. W 1918 roku odchodzące okupacyjne władze niemieckie przekazały Sejny pod zarząd litewski. Doprowadziło to do otwartego konfliktu polsko-litewskiego, który zmienił się w powstanie sejneńskie. Decyzja o zrywie powstańczym zapadła 16 sierpnia 1919 roku. 23 sierpnia o godzinie trzeciej nad ranem rozpoczęło się powstanie sejneńskie. 28 sierpnia pochówek poległych powstańców kończy zryw powstańczy. Sejny w latach 1919-1920 jedenastokrotnie przechodziły z rąk do rąk, a ofiary były obecne zarówno po obu stronach
W czasie drugiej wojny światowej Sejny miały dwóch okupantów. 24 września 1939 roku do miasta wkroczył wojska radzieckie. Po opuszczeniu przez Rosjan ziemi sejneńskiej 13 października tego roku Sejny zajęły oddziały niemieckie. 31 lipca 1944 roku do Sejn ponownie weszli Rosjanie.
Okres drugiej wojny światowej to najtrudniejszy okres dla zamieszkałych od wieków w Sejnach Żydów, Rosjan Staroobrzędowców. W 1939 roku wysiedlono a następnie wymordowano na Liwie sejneńskich Żydów. W 1941 roku wysiedlono do nowo powstałej Litewskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej sejneńskich staroobrzędowców. Po zawirowaniach wojnnych powrócili tylko niektórzy, dokładne liczby nie są znane.
Od 1956 do 1975r. Sejny były siedzibą powiatu i przeżywały zrównoważony rozwój. Od 1 stycznia 1999r. Sejny ponownie stały się miastem powiatowym.
W chwili obecnej społeczność Sejn liczy około sześciu i pół tysiąca mieszkańców.
W dniu 7 września 1975 r. odbyła się koronacja figury Matki Bożej Sejneńskiej. Uroczystościom przewodniczył kardynał Karol Wojtyła, późniejszy papież Jan Paweł II.